Нет принципиального значения, где в Fallout 4 построить базу: есть лишь одна важная деталь, игнорировать которую категорически нельзя - все базы так или иначе строятся только там, где есть мастерская.
Именно с помощью последней вы сможете создавать новые здания и сносить старые. И только в мастерской доступен режим строительства, потому отталкивайтесь исключительно от этого параметра. А вот место выбирайте то, которое вам лично кажется наиболее удобным, тут исключительно дело вкуса.