В Fallout 4 система развития персонажа построена на прокачке основных параметров S.P.E.C.I.A.L. Еще до выхода из Убежища, игроку будет выдано 28 баллов, которые нужно распределить между основными умениями. К этому вопросу нужно отнестись ответственно потому, что потом сбросить вложенные баллы просто нельзя. Разработчики постарались и сделали все, чтобы каждый из игроков смог постоянно совершенствовать своего героя. Всего в игре предусмотрено 275 вариантов прокачки персонажа, поэтому не придется скучать даже тем, кто успел достичь многого, так как максимального уровня просто нет.
От развития S.P.E.C.I.A.L. полностью зависят способности, доступные Выжившему. К каждому основному параметру привязано 10 умений, которые имеют свои уровни развития. Например, если прокачать Харизму до 10 уровня, то откроется такой новый скилл, как «Запугивание», который позволяет держать людей в страхе и управлять ими. Чтобы достичь максимального эффекта, нужно прокачать «Запугивание» до 4 уровня.
Также на прокачку влияют разные статуэтки, журналы и книги. Они разбросаны по всей Пустоши и дают уникальные бонусы. Например, если собрать и прочитать все выпуски журнала «Гронак-варвар», то увеличится критический урон в ближнем бою.