В Fallout 2 Сан-Франциско находиться на 7 клеток левее и на 24 клетки ниже от Арройо (или 2 клетки вправо от Кламаса и вниз без поворотов). После Великой войны население, в основном, состоит из Ши, которые являются потомками команды китайской подводной лодки, потерпевшей крушение у здешних берегов и членов религиозного культа Хабологов (здешний аналог Сайентологии).
Еще до войны Сан-Франциско считался "странным" городом. Во время Войны он был сильно поврежден, а его улицы превратились в руины. Однако человечество сумело выжить и вскоре образовалось поселение на территории залива. Здесь главному герою предстоит отыскать танкер СКП "Вальдез", населенный бродягами. Некоторые говорят, что внутри танкера обитают ужасные существа, помещенные здесь Анклавом, чтобы помешать использовать танкер и добраться до их штаба на буровой вышке. Это подтверждается тем фактом, что компоненты, необходимые для работы корабля, были перемещены в Убежище 13 и Наварро. Однако Избранному суждено собрать все компоненты и отправиться прямиком в логово Анклава - к концовке игры. Кроме того, по ходу выполнения основных и дополнительных квестов, вы сможете наладить отношения между фракцией Ши и Хабологами.
На территории Сан-Франциско в Fallout 2 вы сможете найти такие локации, как Чайнатаун, Док, Танкер, Полоса шаттла, База хабологов, Храм Ши и Братство Стали. А два десятка основных и дополнительных заданий позволят вам получить большое количество очков опыта, репутации и кармы.