Для того, чтобы играть по сети в Factorio, вам не понадобятся сторонние приложения, если речь идет о лицензионной версии игры. Вы можете использовать прямое соединение к интернету, создать сетевую игру одним пользователем, затем сообщить внешний IP-адрес второму пользователю, затем ввести в поле "Ip-адрес и порт" IP-адрес первого пользователя. В случае, если соединение не устанавливается, то высока вероятность, что этому мешает антивирус, брандмауэр или же просто закрыты нужный порт (34197).
В случае с пиратками обширно расписывать не будем, скажем лишь, что для этого варианта необходим сторонний софт, позволяющий создавать виртуальную локальную сеть между компьютерами игроков. В качестве такого софта сойдут Hamachi, Tunngle и Garena.