Боссы в Enter the Gungeon вполне себе традиционно для игр являются наиболее сложными противниками, причем каждый из них отличается уникальным набором атак и прочих особенностей. Боссов вы так или иначе в обязательном порядке будете встречать после зачистки каждого этажа Оружелья, для каждого из этих самых этажей разработчики предусмотрели своих боссов.
Сложность противостояния компенсируется наградами: например, одолев босса одного из пяти основных этажей, избежав получения любого ущерба, вы можете получить Патрон мастера. Кроме того, если где-то на уровне пропустите и не подберете какой-то новый вид оружия, за победу над боссом его же вам все равно дадут после битвы. Кроме того, даются определенные подбираемые предметы и кредиты Гегемонии.