Корабли в Endless Space 2 условно разделяются на классификации в зависимости от выполняемых ими роли, далее кратко разберем их все.
Колонизатор: это судно используется для вторжения, имеет массу слотов для модулей поддержки.
Исследователь: помогает очищать маршруты и системы перед основными силами, единственный корабль, который может применять модуль зонда. Обладает высокой скоростью, но как правило лишен вооружения.
Атакующий и Охотник: специально объединили их, так как оба типа судна специализируются на нанесении серьезного ущерба врагам, оснащены дополнительными модулями, снижающими уровень угрозы и массой слотов для модулей оружия.
Защитник и Координатор: эти корабли служат для привлечения вражеского внимания, отвлекая силы противника от других союзников, такие судна обладают огромным запасом прочности.
Корабль-носитель или авианосец: отличается колоссальными размерами и такими же внушительными количествами слотов модулей. Требуют шесть командных пунктов в флоте. Настоящий флагман, очень многофункциональный и универсальный тип судов.