Наряду с девятью (к моменту публикации статьи) крупными фракциями, доступными игроку для собственного выбора и дальнейшей игры за них, в Endless Space 2 присутствуют также и малые фракции, сыграть за которых не представляется возможным, однако реализована возможность взаимодействия с ними и выстраивания дипломатических отношений. Полный список таких цивилизаций выглядит следующим образом (отсортированы по алфавиту):
- Амеба;
- Амблир;
- Бхагаба;
- Гармония;
- Гнашаст;
- Деюйванс;
- З’вали;
- Калгерос;
- Маврос;
- Нирис;
- Пилигримы;
- Пульсары;
- Ремнанты;
- Сестры милосердия;
- Тиканан;
- Харошем;
- Эйдеры;
- Эпистис.
