В Endless Space 2, как и в реальной жизни, нужно знать меру. Захваченные целые миры и контроль над ними - это хорошо, но важно не пытаться откусить больше, чем сможете потом прожевать. В реальном мире за всю историю так распадалась не одна империя, а вы можете просто постигнуть ту же участь. Чем больше колонизация, тем сложнее поддерживать порядок по всем колониям, тем больше царит хаос и растет недовольство населения. В геймплейном плане все реализовано в виде штрафов - чем больше систем выходит за лимит, тем крупнее штраф. Но последний обычно довольно скромен, так что умелый игрок без труда покроет убытки соответствующим противодействием.
Кроме того, есть соответствующие технологии, позволяющие поднять планку максимального количества подконтрольных систем, не говоря уже о возможности избавиться от наименее полезных для вас колоний. А еще можно проводить реформы, направленные на повышение счастья населения в ваших колониях, что нивелирует или минимизирует потери от штрафа. А в целом не стоит стремиться захватывать все вокруг - у каждого действия должна быть целесообразность и экономическая обоснованность.