Сюжет Dying Light 2: Stay Human описывает события, происходящие спустя добрых два десятка лет после действия оригинала. Когда случилась вспышка Харранского вируса, проблему в конечном итоге удалось подавить, появилась вакцина и дела, казалось бы, наладились. Однако организация ВГМ, "благодаря" которой творился весь этот хаос, с завидной настойчивостью продолжала секретно совершенствовать вирус, однако в какой-то момент случилась его утечка за лабораторные стены и как результат - зараза начала стремительно распространяться по миру.
С такими масштабами бедствия подавить вспышку стало проблематично, однако она не входила в планы ВГМ, которая решила бороться с проблемой путем бомбардировки зараженных территорий. Это привело к тотальному истреблению всего живого на больших площадях, однако те, кто уцелел, сумели приспособиться к новым реалиям, организовавшись в "островки" жизни среди толп зараженных. Между ними связь поддерживают курьеры, роль одного из которых и отводится игроку.
Он путешествует по миру, борется с зараженными и пытается найти свою сестру, с которой волею судьбы был разлучен много лет назад. Попутно главный герой волен выбирать, кому помогать и кого поддерживать.
