Миссии в Splinter Cell: Double Agent впервые в истории серии существенно изменились. По сути, старый добрый Сплинтер селл в четвертой части присутствует лишь в коротеньком вступительном задании в Исландии, после чего лихо закрученный сюжет бросает Сэма на самое дно и ему приходится приживаться в совсем другой реальности, взявшись за самое тяжелое из всех имеющихся заданий Третьего Эшелона.
Ключевыми отличиями миссий в Splinter Cell: Double Agent стали такие факторы, как обилие заданий в светлое время суток, когда невозможно спрятаться в тени, а также необходимость соблюдать баланс между АНБ и АДБ, то бишь старым добрым Третьим эшелоном и террористами.
У Сэма регулярно появляется необходимость выбора, который обычно исключает возможность угодить второму работодателю. К примеру, от нас требуют убить агента ЦРУ - убьете - завоюете дополнительное доверие от АДБ, но потеряете доверие АНБ. Не убьете - прямо противоположные последствия.
В игре имеется шкала доверия, когда она с какой-либо стороны исчерпывается, игра заканчивается провалом.