Руны в Dishonored имеют грандиозное значение, так как позволяют значительно расширять и без того хорошие возможности главного героя, перед которым стоят непростые задачи, так что прокачка уж точно не будет лишней.
Руны находить помогает Сердце - загадочное механическое устройство, которое указывает направление к этим самым рунам (и амулетам заодно), а еще подсказывает информацию о локациях и о конкретных персонажах.
Что касается поиска рун, то нужно просто пробираться в указанном сердце направлении. Скорее всего, на пути будет много препятствий: руны могут храниться в сейфах, требующих добыть код, могут быть спрятаны в потайных комнатах, куда еще нужно понять, как проникнуть, в общем, вариантов масса. Но имея понятие, куда хотя бы нужно двигаться, сделать это будет куда проще.