Во избежание спойлеров мы затронем лишь суть завязки сюжетной линии Deus Ex: Mankind Divided: сюжет этот нам повествует о событиях 2029-го года, что двумя годами спустя после действия прошлой части серии в лице Human Revolution. В основе рассказа лежит Панхейский инцидент, который стал одним из главных событий в здешней игровой вселенной. Инцидент случился в концовке Human Revolution, в результате него аугментированные люди по всему миру временно впали в безумие по сигналу создателя механических аугментаций Хью Дэрроу. Они убивали других людей и наносили ущерб имуществу, чем причинили огромный ущерб по всему миру.
На сюжет Deus Ex: Mankind Divided никак не влияют ваши действия в прошлой игре серии, хоть в одной из концовок главный герой взрывал себя вместе с комплексом Панхеи. Адам здесь жив и по-прежнему является главным героем. Инцидент стал причиной дискриминации всех аугменированных людей. Сам же протагонист трудится агентом Оперативной группы 29 Интерпола, борясь с различными проявлениями терроризма и с организованной преступностью.
