В игре DC Universe Online миссии бывают нескольких типов, в зависимости от сложности сражений и количества участников. Сюжетные миссии связаны только с одним персонажем и выполняются им отдельно. Чтобы уничтожить врагов, нужно хорошо постараться и подумать, прежде чем нанести удар. Боссы в таких миссиях не очень сложные, но каждый из них обладает уникальным стилем боя и своим отрядом помощников.
DC Universe Online миссии в режиме PvP активируется в контекстном меню Duty (повинность). Уровень врагов тут намного выше, но и призы достойные: не только деньги, но и влияние, знаки отличия, за которые можно купить уникальное оружие, экипировку и зелья. Среди игроков популярность набирают миссии Alerts (сигнал тревоги). Их особенность заключается в том, что группа из нескольких героев бороздит необъятные просторы за пределами основных городов и уничтожает огромное количество противников. Именно при прохождении этого типа миссий можно быстро овладеть основными навыками ведения командных сражений.
Самые сложные в DC Universe Online миссии – это рейды. В состав группы входит 8 участников, играющих определенные роли: хиллеры, контроллеры, танки и штурмовики. Уровень врагов – самый высокий в игре, и наград соответственно. Чтобы пройти рейд нужно разработать тактику и действовать сплоченно.