Если у вас в DayZ не работает мышь, для начала убедитесь, что она полноценно функционирует в Windows и в других приложениях или играх.
Если там все в порядке, то может помочь такое решение - запустив игру, перейдите в оконный режим (нужно нажать комбинацию клавиш Alt + Enter).
Теперь мышь должна заработать - пройдитесь по нужным вам настройкам и снова нажимайте ту же самую комбинацию Alt + Enter, останется лишь перезапустить игру и мышь должна нормально функционировать даже в полноэкранном режиме.
Насчет сохранения настроек при выходе из DayZ можете не волноваться: при закрытии приложения игра сама все автоматически сохранит.