Установка модов для CS - тема не самая простая, все из-за большого разброса в типах этих самых модов, которые ставятся совершенно по-разному.
Например, модели оружия обычно состоят из комплекта "models" (файлы формата ".mdl"), "sound"; (файлы формата ".wav"), и "sprites" (файлы формата ".spr"). Все это добро нужно скопировать и заменить одноименные файлы в директории: папка с игрой\cstrike, выйдет что-то вроде: D:\Games\Counter-Strike 1.6\cstrike.
Это актуально только если все разложено по одноименным с игрой папкам, если же нет, то вам нужны папки, вложенные в cstrike: models - для файлов *.mdl; \sound\weapons - для файлов *.wav.
С моделями игроков ситуация похожая в целом. Или копируем и заменяем содержимое оригинальных папок, или же делаем все вручную, если папки не заданы.
Если же нет - берите файлы с расширением *.mdl и копируйте в папку D:\Games\Counter-Strike 1.6 (этот путь может быть другим у вас)\cstrike\models\player\*название заменяемого скина*.
Есть и другие моды, например, на спрайты, но в силу их малой распространенности останавливаться на них мы не будем, да и суть там примерно та же, что и описанная выше.