Сюжет Blackwood Crossing повествует о девочке-подростке по имени Скарлет, ищущую собственный путь в этой жизни. Однажды она проснулась и обнаружила, что невесть каким образом оказалась в поезде в компании своего брата Финна. И все бы ничего, но вскоре на их пути оказалась загадочная фигура, что дало героям четкое понимание, что это - отнюдь не банальная поездка железной дорогой, к коим все привыкли: они путешествуют по чертогам разума в вымышленной стране, находящийся в их подсознании.
Дабы избежать спойлеров отметим, что сюжет Blackwood Crossing довольно драматичен, в ходе его развития игроку приходится пересмотреть отношения главной героини с ее братом, что довольно непросто, ведь они сироты и всегда были тесно связаны друг с другом, но вхождение в подростковый возраст создало для каждого из них свои интересы и взросление идет уже по разным направлениям, что дает свои трудности.
