Сразу же предупредим - сюжет Black Mesa невозможно пересказать, избегая спойлеров, потому если вы таковых боитесь - не читайте дальше первого абзаца, где мы разберем лишь завязку истории. Итак, сюжет целиком и полностью дублирует историю, которую нам повествует и оригинальная Half-Life. Игроку отводится роль Гордона Фримена - молодого перспективного ученого 27-ми лет, который едет на свое рабочее место. А трудится он в гигантском секретном научно-исследовательском комплексе Черная Меза (в честь которого и получила название игра), который чем только не занимается, начиная исследованиями в области телепортации и заканчивая разработкой оружия. Так вот, в этот день, выполняя свои профессиональные обязанности, Гордон столкнулся с непредвиденными трудностями: проводимый им под руководством коллег эксперимент пошел неудачно и ситуация основательно вышла из-под контроля.
Все привело к каскадному резонансу - происшествию, в результате чего открылись порталы на Землю из пограничного мира Зен, чья фауна поспешила ринуться сюда, заполнив весь комплекс и принеся тем самым множество проблем уцелевшим его сотрудникам. Пришельцы оказались крайне агрессивными по отношению к людям и нападают, едва их завидят. Все уцелевшие надеются на спасение и ждут прибытия армии, которая их спасет. И солдаты действительно прибывают, вот только у них задача - отнюдь не эвакуация: они уничтожают всех нежелательных для правительства свидетелей. Однако все это время пришельцы продолжают прибывать в Черную Мезу, что приводит к засылке спецназа, который зачищает как незадачливых военных, так и пришельцев с учеными и охранниками.
Тем временем ученые пытаются закрыть порталы в мир Зен, однако сделать это не удается: эти самые порталы с другой стороны поддерживает некое могущественное существо, которое нужно ликвидировать, чтобы прекратить наплыв незваных гостей. Для этой цели в мир Зен отправляют нашего героя, с чем он в конечном итоге успешно справляется.
