Концовки в Black Mesa полностью идентичны обоим вариантам финала оригинальной Half-Life. По сути, все меняет лишь выбор игрока, когда он оказывается в таком же вагончике, как в начале игры, но уже несущемся сквозь пространство и время. В том же вагончике присутствует загадочный G-Man, выражающий восхищение проделанной Гордоном работой и предлагающий сотрудничество. При этом он лишил Фримена оружия, акцентируя внимание на том, что большая его часть все равно принадлежит государству. И предупреждает, что отказ может плохо закончиться для главного героя. После открывается дверь из вагона, за которой небольшой портал. Вот тут-то и определяется, какая будет у нас концовка.
Шагнете в портал - это согласие сотрудничать с G-Man-ом, который отправит нашего героя в стазис аж до событий второй части, которая происходит сюжетно через добрые пару десятков лет. Откажетесь, оставшись стоять в вагоне - G-Man скажет, что у него нет никаких сожалений и отправит вас обратно в мир Зен. Без оружия и без шансов на выживание там. Каноничная концовка, разумеется, предполагает согласие на сотрудничество.
