Главы в Black Mesa практически целиком в плане списка соответствуют оригиналу, то бишь Half-Life. Их в игре насчитывается девятнадцать штук, где четырнадцать первых разворачиваются на Земле в огромном научно-исследовательском секретном комплексе Черная Меза, оставшиеся пять - в пограничном мире Зен. Далее предлагаем вам полный список глав Black Mesa.
1 - Прибытие (Black Mesa Inbound);
2 - Аномальные материалы (Anomalous Materials);
3 - Непредвиденные последствия (Unforeseen Consequences);
4 - Офисный комплекс;
5 - Мы встретили неприятеля! (We’ve got hostiles!);
6 - Реактивная шахта (Blast pit);
7 - Энергия (Power Up);
8 - На рельсах (On a Rail);
9 - Мрачные предчувствия (Apprehension);
10 - Переработка отходов (Reside Processing);
11 - Сомнительная этика (Questionable Ethics);
12 - Поверхностное натяжение (Surface Tension);
13 - Забудьте о Фримене! (Forget about Freeman!);
14 - Ядро Лямбды (Lambda Core);
15 - Зен (Xen);
16 - Логово Гонарча (Gonarch Lair);
17 - Нарушитель (Interloper);
18 - Фабрика (Factory);
19 - Нихилант (Nihilanth).
