Финальный босс Black Mesa - это все тот же Нихилант, что завершал похождения игрока и в оригинальной Half-Life. Чем-то внешне похож на человеческий зародыш, однако выделяется своими громадными размерами и непропорционально большой головой, которая заметно больше, чем остальное тело. Способен парить в воздухе за счет имеющегося механического устройства левитации.
Когда-то Нихилант правил своим миром, однако в этот самый мир вторгнулся Альянс, после чего он со своими подчиненными ретировался в пограничный мир Зен, где им удалось приспособиться к местным условиям. Воздействие Альянса же, кажется, не прошло бесследно для этого персонажа: все тело Нихиланта усеяно шрамами и швами, что указывает на масштабные хирургические вмешательства. На отсутствие своей воли может указывать и наличие браслетов на руках, которые напоминают визуально браслеты, надетые на порабощенных вортигонтов, не исключено, что это - дело рук Альянса.
По умолчанию Нихилант неуязвим для игрока в Black Mesa, чтобы наносить ему урон, нужно разбивать кристаллы, создающие для него щит - сначала синие, потом желтые, спрятанные в полу и выдвигающиеся для лечения персонажа.
