В целом управление в Black Mesa очень удобное, поскольку полностью соответствует канону в лице оригинальной Half-Life. Классические WASD для движения вперед, влево, назад и вправо соответственно, Ctrl - присесть, пробел - прыгать, F - включить фонарик, R - перезарядить оружие, цифры отвечают за категории оружия. В общем, практически все управление перекочевало из оригинала за парой очень интересных исключений.
Дело в том, что интерфейс игры и возможности костюма в Black Mesa ближе ко второй части серии, чем к первой, а потому костюм имеет некоторые специфические особенности, которых не было в оригинале. Во-первых, возможность спринта - быстрого бега, который активируется зажатием клавиши Shift. Во-вторых, имеется встроенный бинокль, которого в первой части тоже не было, но был во второй. Он активируется нажатием и удержанием клавиши Z. Все остальное управление изменений не получило.