Глобально в Biomutant две концовки: одну можно охарактеризовать как хорошую, другую - как плохую.
Хорошая заключается в том, что мы сохраняем жизнь Люпа-Люпину и садимся в ковчег с избранными нами же товарищами. Когда ковчег готовится взлетать, рассказчик повествует о путешествии, пройденном вами, акцентируя внимание на том, что был пройден путь света. Ковчег улетает и оставляет внизу мир, который вы благополучно спасли.
Плохая концовка в Biomutant требует уничтожения все того же Люпы-Люпина. Далее примерно то же: мы держим путь к ковчегу, с нами все так же избранные товарищи. Однако с таким раскладом мы видим разрушенный мир, что было вызвано уничтожением Древа жизни.