Фракции в Biomutant хоть и не отличаются серьезной многочисленностью, зато все они имеют свои ярко выраженные особенности.
Мириады: во главу угла ставят спасение Древа жизни и победу над Пожирателями мира, для чего готовы объединяться с другими племенами.
Ягни, они же Джагни: прямая противоположность мириадам, они стремятся ликвидировать другие племена, дабы Пожиратели мира могли уничтожить Древо жизни, считая, что в новом мире есть место только для сильных.
Анкати: стремятся уважать всех и творить добро, помогать всем, кому это надо.
Нетра: ведут изолированный образ в жизни, предпочитают жить подальше от других, ценят свободу и защищают ее. Стремятся спасти Древо жизни.
Пикчу: как и Джагни, верят, что слабым здесь не место и стремятся уничтожить всех остальных, дабы дать Пожирателям мира разрушить Древо жизни.
Лотос: анархисты, считающие, что Древо жизни должно быть уничтожено. Хаотичны и непредсказуемы во всем, кроме желания подчинить себе остальные племена.