Несмотря на то, что Binding of Isaac: Afterbirth выглядит технически очень неказисто, как будто пришла к нам откуда-то из девяностых годов прошлого столетия, у многих игроков она тормозит, причем мощный компьютер - далеко не гарантия плавной работы игры.
Все дело в том, что написана она на движке flash, который сам по себе давно славится нестабильной работой. Можете попробовать выставить минимальные настройки качества. Еще вариант - пробовать запустить игру в оконном режиме. Кому-то помогала ее (игры) переустановка заново. Также некоторых выручал выставленный высокий приоритет для процесса Binding of Isaac: Afterbirth в Диспетчере задач Windows.
Были и примеры, когда проблема была в самой системе на стороне игрока (перегрев железа, нестабильная работа операционной системы и так далее).