Боссы в Binding of Isaac: Afterbirth весьма интересны и ждут игрока незбежно в конце каждого уровня. Основная фишка игры на этом поприще в том, что босс выбирается в случайном порядке, а потому заранее вы никак не сможете знать, кто вас там ждет. Отдельные боссы имеют внешние сходства с рядовыми монстрами, отличаясь лишь узором, что обычно происходит уже после шестого прохождения.
Боссы в Binding of Isaac: Afterbirth полезны тем, что после их устранения вы всегда сможете забрать оставленный после них предмет, который имеет какую-то существенную пользу для вас: это может быть повышение уровня здоровья, скорости, радиуса или урона атак, иногда остаются компаньоны. Бывают и бонусы, которые восстанавливают здоровье.