Сюжет Beyond Good & Evil 2 - довольно сложная штука, так как сама его концепция и даже фундаментальные принципы разительно изменялись по мере переосмысления разработчиками основной идеи игры. Если, например, изначально это должен был быть сиквел оригинальной игры, то сейчас уже известно, что вместо этого новинка будет приквелом, то бишь описывает события, которые случились до событий первой части.
Авторы ранее неоднократно заявляли, что стремятся развивать и продолжать историю, начатую в оригинале, но почти десятью годами (в 2017-м) спустя внезапно объявили как раз то, что события развернутся намного раньше первой части - еще до того, как родилась Джейд. Однако на выставке E3 2018 в рамках презентации Ubisoft был опубликован ролик, где мы видели как Пей'Дж, так и эту самую Джейд, так что авторы этим опровергли свои же слова. Либо просто планы в очередной раз поменялись. Точные же детали сюжета Beyond Good & Evil 2 разработчики пока предпочитают не разглашать.