Лимбо в Atomic Heart представляет собой сюрреалистичный мир подсознания, в котором оказывается главный герой после того, как входит в боевой режим. Выглядит это все как зона военных действий, однако поданная в специфическом "детском" стиле с яркими красками, а солдаты и боевая техника полностью покрыты узором из красного цвета и крупного белого горошка. Отдельные объекты вовсе смахивают на выпечку, к примеру, печенья или бараночные изделия.
Впервые в Лимбо в Atomic Heart мы попадем при посещении локации ВДНХ в момент, когда туда прибывает делегация Молотова. Причем после выхода из Лимбо Нечаев обнаруживает эту самую делегацию уже мертвой. В дальнейшем Сергей сможет сопротивляться входу в боевой режим, однако с переменным успехом.