Родриго Борджиа в Assassin's Creed: Unity является магистром ордена тамплиеров и главным противником семьи Аудиторе по совместимости. Вскоре Борджиа еще и стал римским папой, получив имя Александр VI.
В Assassin's Creed: Unity Борджиа лишь упоминается, но в самой игре не появляется. Его можно увидеть, например, в Assassin's Creed II, Assassin's Creed: Ascendance, Assassin's Creed: Project Legacy и Assassin's Creed: Братство крови.