Действие Assassin's Creed: Unity начинается с того, что на главного героя выходят ассасины настоящего и просят отыскать Мудреца в памяти Арно.
Все действие разворачивается вокруг личности последнего - это молодой ассасин, отца которого убили еще в детские годы. Спустя много лет он стал свидетелем убийства своей возлюбленной, который являлся великим магистром ордена Тамплиеров. Нежелательного свидетеля посадили в Бастилию, где Арно познакомился с Пьером Беллеком - мастером-ассасином.
После освобождения тот позвал Арно в братство, а спустя какое-то время выяснилось, что преступления произошли по вине нового великого магистра ордена Тамплиеров - Франсуа-Тома Жермен.
Наш герой вместе со своей возлюбленной проник в Тампль, убивают Жермена, правда, ценой жизни самой возлюбленной. После мы видим снова ассасинов настоящего, которые подвтерждают, что миссия была выполнена и что Арно убил цель далекие двести лет назад.
