Игра Assassin's Creed Rogue, как и её сюжет, являются уникальными для данной франшизы, ведь главным героем выступает не ассасин, а тамплиер. Но не всё так просто, потому что Кормак, который является главным героем, раньше был в братстве ассасинов, а уже затем присоединился к ордену. Весь сюжет игры построен на ненависти Шэя к его бывшим братьям по оружия.
В Assassin's Creed Rogue игроки получают уникальную возможность сразиться с лучшими убийцами, которые были в рядах братства. Сюжет игры Assassin's Creed Rogue раскрывает некоторые тайны ассасинов и тамплиеров, которые мучили поклонников ещё с самой первой части.
Также игра позволит заполнить все пробелы, которые появились после третье и четвертой частей.