Сундуки в Assassin's Creed Rogue не хранят никаких сокровищ, как это было в предыдущих частях, но в них находятся не менее ценные чертежи для улучшения корабля, а также новые виды оружия. Иногда для получения улучшения достаточно найти все один сундук, а бывает, что необходимо очистить их все в определенной локации, чтобы открыто доступ к новым чертежам.
В сундуках в игре Assassin's Creed Rogue лежат чертежи для улучшения скорости корабля, его маневренность, усиления огневой мощи, а также укрепления корпуса. Апгрейды открываются у продавца в гавани или каюте капитана.
