Для прохождения некоторых заданий в игре Assassin's Creed Rogue необходимо решить простые, а иногда и не очень, головоломки. Например, чтобы получить индейскую броню, необходимо активировать все тотемные столбы. Данная головоломка решается довольно просто, вам просто надо соединить все линии. Существует ошибка, которая не позволяет завершить эту мини-игру. В таком случае надо просто перезапустить миссию или выйти с локации, а затем вернуться.
Самые интересные головоломки в игре Assassin's Creed Rogue можно встретить во время взлома серверов Абстерго. Игроку необходимо управлять кольцами и выставить их так, чтобы энергетический луч достиг ядра.