Сюжет Assassin's Creed Odyssey рассказывает о событиях, разворачивается задолго до предыдущей части серии - Origins, стартуя аж в 431 году до нашей эры, что на четыреста лет раньше, чем похождения Байека в Древнем Египте.
В основе рассказа лежит история Пелопонесской войны, в которой друг другу противостояли древнегреческие полисы. Игрок может выступить как на стороне Афин, стоящих во главе Делосского союза, так и Спарты, которая в свою очередь возглавляет Пелопоннесский союз. Это если глобально.
Если уменьшить масштаб, то сюжет Assassin's Creed Odyssey описывает усилия главного героя или героини (в зависимости от выбора игрока) воссоединиться со своей семьей после того, как и брат, и сестра были сброшены с обрыва еще в детстве, оставленные умирать, но выжившие. По мере развития истории игрок сталкивается со зловещим культом Космоса, которому предстоит противостоять. Что касается событий в настоящем времени, то в качестве протагониста там все так же выступает Лейла Хассан, знакомая по прошлой части серии.
