Сложности с удалением сохранений в Assassins Creed 3 связаны с тем, что игра сама по себе делает бекап файлов сохранений на серверах Uplay, потому после удаления они могут быть восстановлены.
А вообще, сами файлы сохранений лежат при Uplay в папке \Ubisoft\Ubisoft Game Launcher\savegames\набор цифр\103.
Если Uplay нету, то в папке Users\Имя\Documents\Assassin's Creed III.
На случай, если игра упорно восстанавливает удаленные сохранения игры - просто временно отключите интернет во время игрового процесса, чтобы у приложения не было возможности подключиться к серверам.